Приказ и.о. Министра финансов Республики Казахстан от 31 октября 2025 года № 659 утвердил Правила и основания принятия органом государственных доходов решения о проведении налоговой проверки, а также правила вынесения решения о проведении хронометражного обследования. Документ официально вступил в силу 1 января 2026 года.

Что регулирует приказ № 659

Приказ № 659 устанавливает не саму процедуру проведения проверки целиком, а прежде всего порядок и основания, при которых орган государственных доходов принимает решение о назначении налоговой проверки.

В документе определены полномочия:

• Комитета государственных доходов Министерства финансов РК;
• департаментов государственных доходов;
• управлений государственных доходов;
• соответствующих территориальных подразделений.

Когда налоговый орган может принять решение о проверке

Согласно приказу № 659, решение о проведении налоговой проверки принимается при выявлении (установлении) нарушений налогового и иного законодательства РК по предусмотренным Правилами основаниям и вопросам.

При этом основания различаются в зависимости от того, какой орган государственных доходов принимает решение. В частности, Правила отдельно предусматривают основания для принятия решения:

• Комитетом государственных доходов;
• департаментами государственных доходов;
• управлениями государственных доходов.

Комитет государственных доходов: основания

Согласно пункту 4 приказа № 659, Комитет государственных доходов принимает решение о проведении проверки при выявлении (установлении) нарушений налогового и иного законодательства Республики Казахстан по следующим основаниям:

1. обращения налогоплательщиков и информация центральных государственных органов Республики Казахстан;
2. проведение проверки ранее проверенного периода – в случаях, предусмотренных законодательством;
3. неисполнение мотивированного решения по результатам мониторинга крупных налогоплательщиков;
4. несогласие с мотивированным решением по результатам горизонтального мониторинга либо его неисполнение;
5. нарушение требований законодательства в сфере производства и оборота отдельных видов подакцизных товаров, а также авиационного топлива, биотоплива и мазута;
6. вопросы, связанные с трансфертным ценообразованием;
7. необходимость минимизации налоговых рисков в случаях, предусмотренных налоговым законодательством;
8. проверка правомерности применения положений международных договоров Республики Казахстан.

Департамент государственных доходов: основания

Пунктом 5 приказа № 659 предусмотрены основания, по которым решение о проведении проверки принимает департамент государственных доходов. К ним относятся:

1. обращения налогоплательщиков и информация областных и приравненных к ним государственных органов;
2. необходимость определения налогового обязательства по взаиморасчетам с налогоплательщиком, в отношении которого проводится досудебное расследование по факту выписки счетов-фактур без фактического выполнения работ, оказания услуг либо отгрузки товаров;
3. необходимость определения налогового обязательства по взаиморасчетам с налогоплательщиком, в отношении которого приостановлена выписка электронных счетов-фактур;
4. необходимость подтверждения фактического совершения оборота по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг;
5. необходимость подтверждения наличия нарушений, указанных в уведомлении о расхождениях, выявленных по результатам камерального контроля;
6. получение предусмотренных законодательством сведений о расходовании денежных средств и (или) иного имущества от иностранных государств, международных и иностранных организаций, иностранцев и лиц без гражданства.

Таким образом, департамент не может произвольно определить предмет проверки. Основание должно соответствовать одному из предусмотренных пунктом 5 приказа случаев.

Управление государственных доходов: основания

На уровне Управления государственных доходов приказ № 659 предусматривает наиболее широкий перечень оснований. В соответствии с пунктом 6 решения о проведении проверки могут приниматься, в частности, при установлении следующих обстоятельств:

1. обращения налогоплательщиков и информация районных и городских государственных органов;
2. наличие товарно-транспортных накладных на импортируемые и перемещаемые между государствами – членами ЕАЭС товары и необходимость проверки соответствия наименования товаров данным накладных;
3. наличие сопроводительных накладных на товары и соответствие содержащихся в них сведений;
4. необходимость подтверждения наличия остатков товаров, по которым применяются пониженные ставки таможенных пошлин в связи с присоединением Казахстана к ВТО;
5. наличие документов, предусмотренных нормативными правовыми актами во исполнение международных договоров при вывозе товаров из Казахстана в государства – члены ЕАЭС;
6. наличие и подлинность средств идентификации товаров, подлежащих обязательной маркировке;
7. наличие и подлинность средств идентификации и учетно-контрольных марок;
8. наличие соответствующей лицензии;
9. постановка налогоплательщика на регистрационный учет в органах государственных доходов;
10. соблюдение порядка выписки электронных счетов-фактур;
11. соблюдение требований налоговой регистрации;
12. соблюдение порядка применения контрольно-кассовых машин и (или) трехкомпонентной интегрированной системы;
13. наличие контрольно-кассовой машины и (или) трехкомпонентной интегрированной системы;
14. наличие оборудования для приема платежей с использованием платежных карточек;
15. соблюдение законодательства о разрешениях и уведомлениях, а также требований к производству, хранению и реализации отдельных видов подакцизных товаров.

Заключение

Приказ № 659 разграничивает основания проведения проверок между тремя уровнями органов государственных доходов.

Комитет – 8 групп оснований. Департамент – 6 групп оснований. Управление – 15 групп оснований. При этом ключевым является не само наличие проверки, а соответствие фактических обстоятельств конкретному основанию, предусмотренному приказом № 659.

Поэтому при обжаловании либо подготовке возражений против назначения проверки целесообразно строить правовую позицию по формуле: «Указанное налоговым органом основание → соответствующий пункт/подпункт приказа № 659 → обязательные обстоятельства для применения данного основания → документы, подтверждающие эти обстоятельства → соответствие предмета проверки указанному основанию».

Именно такая детализация позволяет определить, имеется ли у органа государственных доходов предусмотренное приказом основание для назначения проверки и соответствует ли принятое решение установленным требованиям.