В соответствии со статьей 13 Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс) налогоплательщик вправе обжаловать в установленном настоящим Кодексом и другими законодательными актами Республики Казахстан порядке уведомление о результатах налоговой проверки и (или) решение вышестоящего органа налоговой службы, вынесенное по результатам рассмотрения жалобы на уведомление, а также действия (бездействие) должностных лиц налоговых органов.

Возникшие между государством и налогоплательщиком (налоговым агентом) споры рассматриваются в порядке, установленным законодательством Республики Казахстан.

Действующее налоговое законодательство предусматривает обжалование уведомления о результатах налоговой проверки в вышестоящий орган налоговой службы, а также обжалования в суд.

В соответствии с Налоговым кодексом налогоплательщик (налоговый агент) вправе обратиться с жалобой в вышестоящий орган налоговой службы в течение тридцати рабочих дней со дня вручения налогоплательщику (налоговому агенту) уведомления.

Орган налоговой службы, в ходе рассмотрения жалобы по вопросам, изложенным в жалобе налогоплательщика, рассматривает материалы проверки, документы, подтверждающие обстоятельства, на которых налогоплательщик (налоговый агент) основывает свои требования, иные документы, имеющие отношение к делу. В случае необходимости орган налоговой службы, рассматривающий жалобу, вправе запрашивать у налогоплательщика (налогового агента) или у соответствующего органа налоговой службы дополнительную информацию либо пояснения по вопросам, изложенным в жалобе, производить запрос в государственные органы и юридическим лицам со стопроцентным участием государства по вопросам, находящимся в компетенции таких государственных органов и юридических лиц, проводить встречи с налогоплательщиком (налоговым агентом) по вопросам, изложенным в жалобе.

Также в случае необходимости орган налоговой службы, рассматривающий жалобу, вправе назначить дополнительную, а при необходимости и повторную дополнительную проверку. При этом проведение дополнительной проверки не может быть поручено органу налоговой службы, проводившему налоговую проверку, результаты которой обжалуются.

Решение по жалобе налогоплательщика (налогового агента) выносится в срок не более тридцати рабочих дней, а по жалобам крупных налогоплательщиков, подлежащих мониторингу, не более сорока пяти рабочих дней с даты регистрации жалобы. При этом, срок рассмотрения жалобы приостанавливается на срок проведения дополнительной и повторной дополнительной проверок и до момента получения ответа при направлении запроса.

По результатам рассмотрения жалобы налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах налоговой проверки вышестоящим органом налоговой службы выносится одно из решений предусмотренные статьей 671 Налогового кодекса.

Судебный порядок рассмотрения заявлений об оспаривании результатов налоговой проверки и действий (бездействия) должностных лиц органов налоговой службы регулируется главой 29 Гражданского процессуального кодекса Республики Казахстан.

Установленный частью первой статьи 294 ГПК срок обращения с заявлением в суд исчисляется: в случае оспаривания уведомления о результатах налоговой проверки непосредственно в суде - со дня его вручения, а в случае предварительного обжалования в вышестоящий орган налоговой службы - со дня, когда налогоплательщику стало известно о решении этого органа об оставлении его жалобы без удовлетворения полностью или в части. Если по результатам рассмотрения жалобы налогоплательщика вынесено новое уведомление, срок его обжалования исчисляется заново со дня вручения в установленном порядке.

Исходя из положений статьи 638 Налогового кодекса о том, что решением по результатам налоговой проверки является вынесенное органом налоговой службы уведомление о результатах налоговой проверки, в случае несогласия налогоплательщика с начисленными суммами налогов и других обязательных платежей в бюджет, обязательств по исчислению, удержанию, перечислению обязательных пенсионных взносов, исчислением и уплатой социальных отчислений и пеней, уменьшением убытков, неподтверждением к возврату сумм превышения НДС и (или) корпоративного (индивидуального) подоходного налога, удержанного у источника выплаты с доходов нерезидентов, обжалованию в судебном порядке подлежит только уведомление. Суд проверяет законность начисления оспоренных сумм с учетом выводов, изложенных в акте налоговой проверки.

Акт налоговой проверки может быть обжалован, если налогоплательщик не согласен с его выводами, не повлекшими приведенные выше последствия, однако влияющими на его права и обязанности, в том числе и в будущих налоговых периодах. Обжалование акта проверки расценивается как обжалование действий должностных лиц органов налоговой службы.

При оспаривании налогоплательщиком уведомления о результатах налоговой проверки либо акта проверки по основанию нарушений налоговым органом установленных главой 89 Налогового кодекса порядка и сроков проведения налоговых проверок следует исходить из оценки характера допущенных нарушений и их влияния на законность и обоснованность результатов проверки. В частности, подлежат безусловному признанию незаконными результаты проверки, проведенной без предписания, являющегося согласно статье 632 Налогового кодекса основанием для проведения налоговой проверки, либо без регистрации предписания в налоговом органе. Аналогичные последствия наступают, если в нарушение пункта 1 статьи 146 Предпринимательского кодекса Республики Казахстан предписание на проведение налоговой проверки, за исключением встречной проверки, не было зарегистрировано в уполномоченном органе по правовой статистике и специальным учетам.