Чтобы сравнивать и объединять модули с учетом их структуры, в параметрах 1C:EDT установите флажок Сравнивать модули с учетом структуры.
Этот режим позволяет вам анализировать отличия в разрезе отдельных методов модуля. При сравнении конфигураций методы отображаются в общей структуре конфигурации. Вы можете видеть, например, добавленные методы, можете исключить из объединения любой из методов.
При сравнении модулей в верхней части редактора сравнения и объединения модулей отображается список методов, а в нижней части сравнивается только выбранный метод.
В этом режиме 1C:EDT сначала выполняет разбор содержимого модуля, а после этого выполняет сравнение. Если разбор содержимого модуля завершился неудачно (например, из-за синтаксической ошибки), то модуль будет сравниваться без учета структуры, как один общий текст.