После остановки исполнения на точке прерывания вы можете продолжить исполнение программного кода по одной инструкции, шаг за шагом, или по несколько инструкций, не заходя в вызываемые методы или, наоборот, выходя из вызванных методов.
При пошаговом исполнении остановка будет происходить автоматически, в зависимости от выбранной вами команды. Если в процессе исполнения нескольких инструкций будет обнаружена точка прерывания, остановка произойдет на ней, а не там, где она произошла бы, если бы этой точки прерывания не было.
Подробнее о пошаговом выполнении вы можете прочитать в документации «1С:Предприятие 8.3. Руководство разработчика».