При сравнении разных модулей или разных версий одного и того же модуля используется встроенный механизм сравнения файлов.
Он учитывает семантику встроенного языка и может определять перемещение фрагментов кода (процедур и функций) внутри модуля. В результате вы не просто видите, что строки одного модуля отличаются от строк другого, а понимаете, что в принципе модуль не изменился, изменилось лишь положение процедур внутри него.
Также вы можете группировать соседние измененные строки в один блок. Это облегчает анализ изменений в этих строках.