При выполнении команд рефакторинга (в диалогах извлечения переменной или метода, например) вы можете нажать Предварительный просмотр. 1C:EDT покажет вам список планируемых изменений. Изменения, связанные с каждой строкой списка, можно просмотреть тут же, в окне сравнения файлов. Причем модули сравниваются с учетом семантики встроенного языка.
Если конкретное изменение вы считаете ненужным, можете отказаться от него.