Если для проекта выбран один из режимов инкрементального обновления конфигураций связанных информационных баз, вам нужно учитывать следующую особенность. Если в настройках соединения с информационной базой вы не укажете, например, имя пользователя и пароль (хотя в базе они используются), то каждый раз при обновлении конфигурации платформа будет показывать диалог аутентификации и ожидать ваших действий.
Если в этом диалоге вы нажмете Отмена, то 1C:EDT не сможет распознать это и будет считать, что успешно обновила конфигурацию информационной базы. В результате 1C:EDT теряет информацию о том, какие объекты конфигурации были изменены после последнего сохранения. Дальнейшие обновления конфигурации могут привести к тому, что основная конфигурация информационной базы станет неконсистентной.
В дальнейшем мы планируем изменить это поведение и удалить этот источник потенциальных ошибок.