Функциональная опция является частью механизма функциональных опций. Она позволяет выделить в прикладном решении функциональность, которую можно включать/выключать при внедрении, не изменяя само прикладное решение.
О функциональных опциях вы можете подробнее прочитать в документации Функциональные опции и параметры функциональных опций (1С:Предприятие 8. Руководство разработчика).