В панели Навигатор вы можете иметь одновременно несколько проектов, каждый в своей папке, то есть вы можете одновременно держать под рукой несколько конфигураций. Нет необходимости запускать разные копии приложения, переходить из окна в окно. Просто раскрываете другую папку и работаете с другой конфигурацией.