1C:EDT хранит конфигурацию в виде файлов собственного формата на диске. Это дает несколько технологических преимуществ.
Самым главным преимуществом, конечно же, является простая возможность использования сторонних систем контроля версий. В 1C:EDT существует встроенная поддержка Git, поэтому с этой системой вы можете работать сразу же и без оговорок.
Технология плагинов Eclipse позволяет вам использовать и другие системы контроля версий. Вы можете использовать их в индивидуальных целях для создания архива своих разработок и их версионирования. Однако пользоваться функциями объединения изменений или групповой разработки не рекомендуется. Без специальной адаптации "родное" объединение XML-файлов может не всегда корректно работать с точки зрения «1С:Предприятия 8». В случае с Git такая адаптация была выполнена, и всеми его функциями вы можете пользоваться в полном объеме.
Еще один положительный момент хранения конфигурации в виде XML-файлов заключается в том, что при необходимости вы имеете доступ к ним в любой момент. Перейдя в перспективу Файлы, вы можете работать с проектом не в виде дерева конфигурации, а в виде набора папок и файлов. Вы можете открывать файлы, редактировать их, копировать и так далее. Это может оказаться полезным в каких-то редких, технологических, сценариях работы.